Plongez les conchiglionis dans une grande casserole d'eau bouillante salée et faites-les cuire le temps indiqué pour une cuisson al dente moins 2 mn. Raffraichissez-les à l'eau froide, égouttez-les et mettez-les dans un saladier avec un filet d'huile d'olive.
Faites fondre les échalotes pelées et finement hachées dans une sauteuse avec 2 c à s d'huile d'olive puis ajoutez la moitié du coulis de tomate, du thym et le thon émietté.
Assaisonnez et laissez mijoter 5 min puis garnissez délicatement les pâtes à l'aide d'une petite cuillère.
Versez le reste du coulis dans le fond d'un grand plat à gratin huilé et rangez-y les pâtes bien serrées, les unes à côté des autres.
Ajoutez une lamelle de mozzarella sur chaque pâte farcie, poudrez de parmesan et glissez au four préchauffé à 180°C pour 15 à 20 min de cuisson.